在日本海上自卫队举行的宙斯盾驱逐舰体验活动中，小兰、园子和少年侦探团登上了宙斯盾舰雾岛号。期间，一名自卫队员神秘失踪，舰上还发现了来历不明的电波。柯南凭借敏锐的洞察力，察觉到这背后隐藏着巨大的阴谋。随着调查深入，他们发现这与间谍活动有关，而间谍的目标似乎是宙斯盾舰上的重要机密。在追踪线索的过程中，柯南等人遭遇了重重危险，不仅要躲避间谍的追杀，还要解开各种谜题。最终，柯南在关键时刻推理出真相，成功阻止了间谍的阴谋，保护了宙斯盾舰和船上人员的安全。