《命运之夜剧场版》改编自文字冒险游戏《Fate/stay night》。故事围绕着圣杯战争展开，这是一场由七位魔术师召唤英灵，为争夺能实现持有者任何愿望的圣杯而进行的惨烈战斗。主角卫宫士郎是一名普通高中生，却意外卷入这场战争。他召唤出了英灵Saber，一位美丽且实力强大的少女骑士。在战斗过程中，士郎与Saber逐渐建立起深厚的羁绊。他们不仅要面对其他英灵和魔术师的挑战，还要处理彼此之间复杂的情感。随着战争的推进，各种阴谋逐渐浮出水面，士郎和Saber在一次次危机中不断成长，最终迎来了与最终敌人的对决，而这场战斗的结果也将决定世界的命运。