《神奇四侠2005》围绕里德、苏、本和强尼四人展开。里德是天才科学家，他带领团队进行穿越宇宙风暴的实验，不料飞船遭遇强烈宇宙射线辐射，四人身体发生奇异变化。里德获得身体任意伸缩的能力，成为“神奇先生”；苏拥有隐形和制造力场的能力，化身“隐形女侠”；本身躯变成岩石怪物，成为“石头人”；强尼则能全身着火并高速飞行，被称作“霹雳火”。四人拥有超能力后，决定利用能力保护世界。然而，他们遭遇了大反派“末日博士”。末日博士野心勃勃，妄图统治世界，他利用科技手段为神奇四侠制造诸多麻烦。但神奇四侠凭借团结和各自超能力，一次次化解危机，最终打败末日博士，守护了世界和平。